目前中国农药品种和产量都是以杀虫剂和除草剂为主，杀菌剂相对较少，绝大多数品种为市场较为成熟、技术要求相对较低的仿制品种，创制品种市场化进程缓慢。另外，同品种生产企业数量众多，产能过剩，缺乏品种创新与技术创新，专业化程度低，协作性差。

　　目前，中国可生产农药剂型近千种，平均每种原药只能加工4～5种剂型，而国外一种原药可加工成为十几种、甚至几十种剂型。当前，国外主要发展不用溶剂或少用溶剂的液剂或水分散粒剂、片剂，而国内农药剂型仍以乳剂、可湿性粉剂、粉剂和颗粒剂为主，其中乳剂占农药总产量的50%，不仅浪费了大量有机溶剂，而且对环境产生污染。

　　企业结构不合理

　　2003年以来，通过提高新企业准入条件、延续核准、清理整顿生产批准证书等措施，一批落后企业被淘汰。但农药企业多、小、散、乱的问题仍未根本解决；企业微利或亏损，无力进行技术升级；农药行业仍没有具有国际竞争能力的龙头企业，在产品出口上互相压价。

　　2005年底，国内获得有效农药生产许可证和农药生产批准证书的生产企业共有1821家，而农药部分销售额超过10亿元的仅有4家企业，其中最大的企业红太阳集团有限公司，农药部分销售额也仅20亿元左右。相比之下，2005年世界农药销售排名前6位的企业中，销售额最小的美国杜邦公司也达到23亿美元。

　　从区域分布来看，虽然原药生产企业主要集中在江苏、浙江和山东三省，但基本还是承袭计划经济年代的分布模式，企业之间各自为阵，没有形成生产较为集中的农药工业园。近年来，还出现原药企业向中西部转移、输出污染的现象。

　　技术创新能力弱

　　"十五"期间，国家实施了科技攻关计划重大项目"新农药创制研究与产业化关键技术开发"，实现了中国具有自主知识产权的农药品种零的突破，21个具有自主知识产权的创制品种取得了农药登记。但与发达国家相比，中国农药科研开发水平还存在较大的差距，每个创制品种投入的资金量仅为发达国家的1%～2%；创制品种市场推广后劲严重不足，国内市场销售额超过5000万元的创制品种只有一二个；还没有建立起符合国际标准的农药科研开发体系。

　　2005年，中国农药工业整体研发投入占销售收入的比重平均不到1%，仅有个别企业达到2%以上，而同期部分跨国农药集团的这一比重高达10%以上。中国农药产品更新换代缓慢，在国际分工中处于低端。

　　当前，国外农药生产已实现了高度自动化，产品收率高，质量稳定。而国内大多数企业操作控制主要还是采用就地控制或手动调控，致使中国农药原药收率平均比国外低10%左右，含量低10%～25%。

　　高消耗与重污染突出

　　国内大部分农药原药生产能耗较大，环境污染严重，附加值较低，生产过程中未反应的原材料和副产物回收率很低；大部分原药生产企业规模小，大部分环保装置运行不正常或根本不运行；绝大部分农药加工企业没有"三废"处理装置。

　　中国农药剂型主要是乳油、可湿粉和颗粒剂，水基化剂型少，农药使用缺乏科学性，使得大量有机溶剂和添加剂随着农药施用进入自然环境，污染较为严重。此外农药包装物(塑料瓶、袋)基本没有回收，也对环境和人身安全造成了危害。

　　营销和管理落后

　　国外农药生产企业十分重视市场的变化，在主要市场均有派驻机构，聘用熟悉本地情况、具有化工和植保经验的专业人员进行推销，到农村作田间试验和指导用药，召开现场推广会，及时收集反馈信息，进行农药剂型、使用方法甚至施药器械的改进。而国内企业目前在农药生产、销售和使用上相互脱节的现象还很严重，同一个品种的推广速度往往落后于外国公司。

　　国际市场开拓能力弱

　　各国政府对农药的市场准入都有非常严格的规定和管理。中国的大部分农药产品在发达国家还没有取得进入许可证。在农药生产管理和质量保证体系方面，中国与发达国家仍有一定差距，农药企业普遍缺少有国际市场运作经验的专业人才，国际化能力薄弱。

　　虽然中国农药的出口额较大，但绝大部分产品是以原药形式进入国际市场的。如中国大量出口的草甘膦，是经过国外公司进一步加工成制剂或打上其标签后，才以农药身份进入发达国家市场的。